Электронную первичку, которую вам направил контрагент, можно подписать только электронной подписью.

Распечатать документ и заверить его собственноручной подписью нельзя. ФНС объясняет это так: контрагенты не могут подписать один документ разными способами (один — электронной подписью, а другой — собственноручной). Данное различие противоречит Закону об электронной подписи.